La Nueva República había pensado que la amenaza de los Yuuzhan Vong había sido borrada en Helska IV y bajaron la guardia. Mientras que las luchas políticas rugian en el corazón de la Nueva República los Vong comenzaron a tomar planetas uno por uno. Bimmiel y Garqi cayeron rápidamente ante la flota extranjera. Varios piratas y flotas de contrabandistas también fueron destruidas en escaramuzas con los Yuuzhan Vong, incluyendo el famoso pirata Urias Xhaxin y su fragata particular. La Nueva República decidio usar su fuerza militar y tomaron cartas en el asunto para investigar los ataques. Cuando rescataron al pirata, le entrego a la Nueva República una abundancia de datos sobre la nave que lo atacó.

Mientras que la política mantenia las manos de los militares atadas, los Jedi emprendieron diversas misiones del reconocimiento. El líder Jedi, Luke Skywalker condujo la misión a Belkadan, donde se encontraron con que aunque la atmósfera estaba normal de nuevo, el planeta en sí mismo habia cambiado totalmente. Ahora servía como un astillero del coralskippers y tierra de crianza para los dispositivos de las comunicaciones villip. La misión de Belkadan fue también el primer encuentro entre los esclavos Vong y la Nueva República, eran una especie controlada con crecimientos del coral yorik.

Otra misión fueemprendida para recuperar a un equipo xenoarqueologico de la Universidad de Afamar que había desaparecido en el planeta Bimmiel. Los slashrats y las manadas bloodthirsty del shwpi dominaban la superficie del desierto del planeta. El Jedi localizó a equipo xenoarqueologico, que había descubierto los restos momificados de Mongei Shai, una reliquia estimada en la cultura de Yuuzhan Vong. Diversas feromonas producidas por las slashrats, llamadas killscent, que apestan, habían atraído una manada de ellos y mataron a los guerreros Yuuzhan Vong. Después de atestiguar otro aspecto de la cultura extranjera, el sadico maltrato de esclavos, el Jedi utilizó los escarabajos genético alterados del centinela, una creación de los Vong, para esparcir el killscent sintético a través del puesto avanzado de los Yuuzhan Vong. Esto hizo que otra manada de slashrats arrasaran con el puesto avanzado y con los esclavos. El caballero Jedi, Corran Horn se enfrento con dos miembros del dominio Shai asesinandolos, pero fue herido antes de poder escaparse.

Después de una escaramuza con un crucero del asalto de los Yuuzhan Vong llamado en codigo Roca-Uno, mientras que los refugiados huian hacia Dubrillion, la Nueva República se preparaba para un ataque contra Dantooine. La Roca-Uno y su contingente de coralskippers cayeron sobre Dantooine con una fuerza sensacional. Los enjambres de esclavos de Chazrach acometieron contra las tropas de la Nueva República que defendían a los refugiados, apoyados por criaturas diseñadas para servir como vehículos de tierra de asalto. El Escuadron Picaro llego a Dantooine y diezmo las filas de los coralskippers. Al mismo tiempo el grupo de asalto de tierra de los Yuuzhan Vong que se había infiltrado en los campos del refugiados fueron detenidos. Una lanzadera solitaria destruyó el vehículo de tierra del comando Yuuzhan Vong e interrumpió su control sobre los esclavos. Ellos se dieron la vuelta rápidamente y se ensañaron entre ellos, esto permitio a la Nueva República huir al espacio. El crcuero Roca-Uno fue dañado gravemente con la aparcion y el ataque repentino del crucero Ralroost de las Fuerzas de asalto Bothan y fue forzada retirarse, aunque Dantooine cayo en manos de los Yuuzhan Vong.

Una serie de pérdidas horribles condujo a la Nueva República a comenzar un estudio intensivo de la cultura, de la tecnología, y de las tácticas usadas por los Yuuzhan Vong. Esto condujo a una alianza con el resto imperial conducido por el almirante Gilad Pellaeon. La Nueva República y su mando militar accedieron a una mision encubierta a Garqui.

Haciendo pareja con un grupo de combatientes de la resistencia, el equipo de las fuerzas especiales se infiltró en los campos auxiliares de los Yuuzhan Vong y fue testigo de cosas horribles. Perfeccionaban a los esclavos humanos para hacer soldados sin piedad, algunos cubiertos casi totalmente por crecimiento de coral yorik. Los Vong soltabana los esclavos por la ciudad y los cazaban con la ayuda de los Chazrach. Durante una de estas juergas de matanza, una batalla tuvo lugar, con el equipo de la Nueva República que mato a muchos esclavos y guerreros Yuuzhan Vong, incluyendo el comandante de Garqi, Krag Val. Se fueron del planeta con varios de los esclavos humanos sembrados y con un descubrimiento incluso mayor: la armadura del cangrejo vonduun usada por los Yuuzhan Vong tiene una alergia fatal al polen de los árboles baffor, nativos del planeta Ithor.

En Dubrillion, planeta que sirvió como jefatura de los Yuuzhan Vong durante esta fase de la invasión, Elegos A'Kla de la Nueva República se entrevisto con el comandante Shedao Shai para discutir la posibilidad de una tregua o aún de una paz duradera. Después de aprender de primera mano el significado verdadero del dolor, Elegos fue asesinado por Shai para enviar un mensaje a Corran Horn, caballero Jedi, que gue el guerrero que mató a su hermano en Bimmiel. Aunque el comandante aprendió mucho a partir de su tiempo con el Caamasi, el otro Yuuzhan Vong creyó que la Nueva República le habia corrompido y trazaron su caída. Ésto incluia a su subordinado Shai, deign Lian, y a su superior, el Señor de la Guerra Tsavong Lah.
Los Yuuzhan Vong prepararon un ataque de diversion contra Agamar mientras se mova la fuerza completa hacia Ithor, con esperanzas de eliminar el arma orgánica de la Nueva República que tuvo que utilizar contra ellos. El ataque sería mas un golpe psicologico mas que uno físico.

Unido contra un enemigo común, las flotas combinadas de la Nueva República y el resto imperial prepararon la defensa de Ithor y supervisaron la evacuación de su gente, los pacificos Ithorianos. Con la vuelta del Escuadron Picaro de otra misión se enteraron de la construcción que los Yuuzhan el Vong estaban efectuando y que era una nave planeta construida con los restos de Sernpidal. Finalmente el mensaje de Shedao Shai llegó para la Nueva República en una lanzadera transformada: Tenían un mes para prepararse para el ataque contra Ithor. Horrorizaron a los héroes al encontrar el esqueleto de un Elegos A'Kla repleto de oro, plata y joyas dentro de la lanzadera, presentando un diverso mensaje para Corran Horn: Devuelvelos huesos de Mongei Shai o seras destruido.

Deign Lian estaba preocupado porque su comandante habia convertido esto una guerra personal para recuperar los huesos de su abuelo. Él había preparado una arma para eliminar la amenaza de Ithor, pero Shedao Shai insistia en conducir personalmente un asalto por tierra.



Cuando llegó el día del ataque, la Nueva República estaba preparada con una gran cantidad de naves, pero los Yuuzhan Vong fueron igualmente preparadon con una flota liderada por la Herencia del Tormento - una mundonave de ocho kilómetros de largo. La flota de la invasión también consistia en tres cruceros y ocho cruceros ligeros, cada uno del asalto, todos con un contingente completo de coralskippers. Cuando la batalla se acercaba a su punto maximo, Corran Horn contacto con el comandante de los Yuuzhan Vong para proponer un duelo y el ganador decidiria el sino de Ithor. Shedao Shai acepto pero fue muerto en el duelo. Con Deign Lian al mando de la flota de los Yuuzhan Vong, las armas bacteriologicas fueron lanzadas. Las bacterias metabolizaron rápidamente toda la vida en el planeta y sobrecalentaron la atmósfera. La Nueva República respondio con toda su potencia de fuego, destruyendo la Herencia del Tormento y varias naves más pequeñas. El magnidico crucero se precipito hacia la atmosfera, y al entrar en contacto con ella, se prendio, incendiando tambien el planeta entero. Los Yuuzhan Vong huian pero Ithor habia sido arrasado.